Η ενδοδοντική θεραπεία γίνεται όταν μολύνεται εξαιτίας μιας βαθιάς τερηδόνας ή τραυματισμού ο μαλακός ιστός (πολφός) που βρίσκεται στο κέντρο του δοντιού και αποτελείται από νεύρα και αιμοφόρα αγγεία. Τα νεύρα ξεκινούν από την άκρη των ριζών, τις διαπερνούν  και καταλήγουν στον πολφό. Στην περίπτωση μια τέτοιας μόλυνσης θα πρέπει να αφαιρέσουμε τον πολφό και τα νεύρα που διέρχονται μέσα από τους ριζικούς σωλήνες, να καθαρίσουμε σχολαστικά τις περιοχές αυτές και να τις σφραγίσουμε με ειδικά εμφρακτικά υλικά. Αν χρειαστεί, μετά την τελική έμφραξη θα προστατεύσουμε το δόντι με στεφάνη ή/και άξονα ώστε να εμποδίσουμε τυχόν κάταγμα.